La Scuola Sant'Anna collabora con associazioni e fondazioni che hanno il fine di valorizzare il talento e il merito quali motori di sviluppo della mobilità sociale e risorse fondamentali per contribuire ad affrontare le sfide di sostenibilità, pari opportunità e di equità che riguardano il pianeta; riconoscere e sostenere il percorso formativo e di ricerca di allieve e allievi, studentesse e studenti e giovani ricercatrici e ricercatori, indipendentemente dalle condizioni economiche e sociali dei contesti di origine; costruire contesti di ricerca avanzati e attenti ai fabbisogni di innovazione delle istituzioni pubbliche e private, per lo sviluppo del Paese e della collettività.
Con questi enti la Scuola può concludere accordi e convenzioni per lo svolgimento di attività in comune.